O počátcích obce se neví mnoho. První zmínka o Přehořově souvisí s pány z Růže. Ves založilo asi sedm sedláků, z nichž se jeden pravděpodobně jmenoval Přehoř. První písemný záznam se datuje k roku 1371, kdy ves náležela Kunsíkovi z Přehořova. Zápis z roku 1379 uvádí, že Přehořov koupil Oldřich z Rožmberka, který ho náhle prodal svému služebníku Marešovi, což byl soběslavský purkrabí a posléze lovčí a krumlovský úředník.
V polovině 16. století se v Přehořově usadil Oldřich Přehořovský, který podle sousední obce přijal predikát z Kvasejovic. Jeho syn Václav vložil roku 1531 do zemských desek jako svůj majetek ves Přehořov. Veronika Přehořovská následně Přehořov prodala Václavu Prokeciovi.
Ten připojil přehořovský statek ke Kvasejovicům. Po smrti jeho syna převzala statek sestra Dorota Alžbeta, která přikoupila r. 1661 Kvasejovice. Stavební úpravy provedené v 17. a 18. století změnily původní sídlo v rozsáhlou zámeckou budovu. Její syn Václav Antonín nechal postavit poblíž zámku kapli sv. Anny (1695), do níž byly roku 1845 dány varhany. Při jejím založení byly v okolí vysázeny lípy, doplněné roku 1818 o habry, čímž vznikl háječek. Dva krásné duby na hrázi Smíchovce jsou ze stejné doby.
Kdysi vrchnostenské sídlo církev přestavěla na zámek pro občasný pobyt mnichů a řádového administrátora. Od náboženského fondu, jemuž Přehořov připadl po zrušení kláštera, jej koupil rytíř Kryštof André.
Ten založil r. 1818 lipovou alej od staré školy ke sv. Anně a r. 1822 druhou lipovou alej, vedoucí do Kvasejovic, zároveň upravil zámeckou zahradu. André měl ve Vídni továrnu na hedvábné látky a samet. Do tohoto řemesla zaučil syna svého přehořovského zaměstnance Walise a jeho druha Hanzala z vedlejších Kvasejovic. Ti zde poté vyučili celou řadu tkalců a zasloužili se tak, že v Přehořově vzkvétalo tkalcovské řemeslo. Jeho sláva začala upadat koncem 19. století, kdy odsud lidé odcházeli do Ameriky za vidinou lehčího života.
Po něm r. 1846 Jan Nádherný zámek přestavěl. Posledním majitelem Přehořova byla rodina Pollakova, za které byl zámek vzorně udržován. K zámku patřil nádherný anglický park a skleník. Adolf Pollak byl lidmi ctěn pro jemnost, vzdělanost a hluboké sociální cítění, zámek koupil v r. 1869. Celá rodina později zahynula v koncentračním táboře. Dokonale zdevastovaný zámek byl na sklonku minulého století zbořen.
Dnes už málokdo ví, že zdejší pivovar svého času vařil velice kvalitní pivo, na kterém si pochutnávali nejen ve speciální táborské hospodě nebo v soběslavském hotelu U Slunce, ale koňské potahy vozily pravidelně toto pivo i do luxusních vídeňských restaurací.
V polovině 19. století vznikla v Přehořově na pravém břehu potoka židovská čtvrť, v těchto místech se dodnes říká Za Židy. V obci měli svou synagogu s modlitebnou a v lese za vsí i hřbitov.
Pamětní deska na jednom z domů připomíná, že se zde narodil roku 1865 univerzitní profesor dr. Karel Kadlec, znalec mezinárodního práva, generální tajemník Akademie věd a umění a řádný člen několika světových akademií. O půl roku dříve tu spatřil světlo světa Josef Václav Klement Bouška, horoucí vlastenec, spisovatel, hudební skladatel a výtečný malíř.
Z Přehořova také pochází major Čsl. letectva Jan Veselý, vyznamenaný československým válečným křížem in memoriam. Za 2. světové války zahynul ve službách anglického letectva, když se vracel z náletu na Brémy. Právě jemu byl v roce 2018 odhalen památník, který je ve tvaru jeho letadla, před budovou Obecního úřadu.